Linux, como el resto de las versiones de Unix almacenan los distintos fichero que lo componen según su equipo y utilidad en una estructura de victorias siguiendo un criterio más o menos uniforme. Cada directorio de está destinado a contener un tipo determinado de archivos y son los siguientes:

/bin: Programas ejecutables básicos del sistema, como puedan ser cp, rm, mv, cd, etc.

/sbin: Ejecutables dedicados a la administración del sistema, accesibles únicamente por el superusuario o root.

/dev: Archivos de dispositivo.

/etc: Ficheros globales de configuración. La configuración general del sistema se encuentra almacenado normalmente en el propio directorio, encontrando en subdirectorios la configuración general de las distintas aplicaciones.

/home: A partir de este punto se almacenan los directores particulares de los distintos usuarios del sistema.

/lib: Bibliotecas básicas del sistema para el compilador y las aplicaciones.

/proc: Contiene los ficheros de información del estado de los diversos procesos del sistema. No son ficheros físicos, no ocupan espacio en el disco duro, apuntan a determinadas direcciones de memoria.

/ usr: Contiene las aplicaciones, y actividades, archivos en general no básicos del sistema, que son incluidas en una distribución particular.

/usr/bin: Programas ejecutables no básicos del sistema.

/usr/sbin: Aplicaciones de administración no básicas del sistema.

/usr/doc: Archivos de documentación del sistema y aplicaciones.

/usr/include: Archivos de cabecera necesarios para desarrollar programas en C y C ++.

/usr/lib: Bibliotecas de programación que no se incluyen de forma estándar.

/usr/local: Al igual que el propio /usr ,contiene aplicaciones, utilidades y archivos en general instalados posteriormente a la instalación del propio sistema.

/usr/src: Almacena el código fuente de diversas aplicaciones así como el núcleo (kernel), situado en /usr/src/linux.

/tmp: Directorio de almacenamiento de los ficheros temporales del sistema.

/var : Aloja los ficheros que varían de contenido con el tiempo, como las colas de impresión o correo.